專家指出，沖馬桶的動作就能把細菌與病毒噴濺得到處都是，所有公廁都或多或少因此受到汙染，保護自己避免染病的最重要動作就是如廁後確實洗手。

《紐約時報》（New York Times）報導，學界有許多關於公共廁所的細菌與病毒研究，例如職場、飛機上、郵輪上公廁的諾羅病毒、宿舍廁所裡的沙門氏菌、小學公廁的A型肝炎病毒，也有研究關注馬桶及公廁其他表面的病原微生物。

亞利桑那大學微生物學家吉爾巴（Charles Gerba）指出，多數病原體能夠透過馬桶到達廁所其他區域的表面，因為糞便及尿液含有許多細菌及病毒。他說，沖馬桶這個舉動會進一步讓病原微生物以氣溶膠的形式飄散至5英尺（約1.5公尺）高的空氣中，甚至在空氣中飄浮超過1小時後才降落其他物體表面，「所有公廁都因為沖馬桶的動作，或多或少受到汙染。」

不過吉爾巴也澄清，直接坐在馬桶上，或是皮膚沾了一些細菌或病毒，不一定就會讓你生病，比較可能發生的例外是被又稱為「超級細菌」的具抗藥性金黃色葡萄球菌（Methicillin Resistant Staphylococcus Aureus，MRSA）感染，這種細菌因為對多種抗生素有抗藥性，因此難以治療。

吉爾巴說公廁曾發現具抗藥性金黃色葡萄球菌，它們能透過皮膚感染，目前尚不清楚感染機率，不過他建議用公廁前最好先消毒馬桶坐墊，並確實將紙巾丟入垃圾桶、而不是馬桶裡。

加州大學舊金山分校（University of California, San Francisco）家庭社區醫學副教授帕克（Dr. Ina Park）先前指出，具抗藥性金黃色葡萄球菌可能是民眾用公廁時要使用坐墊紙的原因之一，特別是皮膚有傷口的人。不過她強調，整體而言被感染的風險很低，而且ATM按鈕、電梯按鈕、儲藏櫃把手等也都有這種細菌。

另外南澳大利亞大學（University of South Australia）環境科學教授唐娜（Erica Donner）也指出，坐墊紙並不能提供萬無一失的保護，在民眾使用之前，坐墊紙可能早被馬桶氣溶膠汙染。她說，如果肌力且準度都夠的話，真的建議民眾半蹲，但她也警告，真的有人因為半蹲而把廁所弄得亂七八糟，反而增加其他使用者的風險。

唐娜說，比起半蹲或用坐墊紙，最重要的是上完廁所後是否有確實清潔手部。她說多虧馬桶氣溶膠效應及烘手機，最遠能將手上及鄰近垃圾桶的細菌噴飛3公尺遠，所以包括馬桶按鈕、門栓等公廁的任何表面幾乎都已經被汙染，而最常見的感染途徑就是觸摸到受糞便細菌感染的物體表面，之後手又碰觸嘴巴。

根據美國疾病管制暨預防中心（CDC）官網建議，最好的洗手方式是至少用肥皂搓洗20秒，洗清後再擦乾。不過許多公廁甚至沒有洗手乳或擦手紙，吉爾巴因此建議，在用完公廁並且洗完手後，最好再消毒一下手部。

專家們也提出其他避免在公廁感染細菌或病毒的建議，包括不要將背包放在地板上、蓋上馬桶蓋再沖水。

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