短短不到一星期，國內爆發3名機師「突破性感染」，民眾憂心國境防線是否被Delta病毒攻陷。醫界已有「個案狀況不單純」的討論，認為指揮中心應檢討現行政策，針對高風險的機組員做更高強度管理。醫師甚至警告，以3機師全屬長榮來看，恐怕公司內部已有傳播鏈出現。

這3名確診機師分別為案16066、案16119、案16120，共通點為都打完兩劑疫苗、都執飛過芝加哥、都是長榮航空員工。除了案16066無症狀，其他兩人均在8月底出現症狀；案16120甚至傳給兒子，釀家庭群聚感染。

有鑑於機師先後染疫，中央流行疫情指揮中心宣布，即日起加嚴機組員管制措施。不過有醫師指出，這麼短的時間內一口氣確診3名機師，恐怕不能只往境外移入的方向去想，應把長榮內部視為有傳播鏈出現，把所有機組員召回採檢。

根據《蘋果新聞網》報導，台大兒童醫院院長、感染症專家黃立民說，染疫機師一定有其他感染源，指揮中心應考慮在台染疫的可能性，「最可怕的情況，就是長榮內部已有一窩人感染」，應把所有人叫回來驗PCR，才能釐清疫情。

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