2017年開工的台南鐵路地下化爭議不少，交通部鐵道局27日宣布，至6月底台南鐵路地下化總工程完成52.78％，進度過半，目前朝預定目標2024年底完工，台鐵表示正努力追趕中。

鐵道局表示，目前主體土建工程各標正連續壁及隧道開挖施作進度已達83％，計畫全線既有橫交立體設施包括地下道、平交道及高架陸橋計有23處，為疏導市區交通並減少施工造成不便，鐵道局依台南市政府核定的交通維持計畫，相鄰2處平交道、地下道、陸橋等均不同時施工，目前已完成12處橫交設施。

台南車站改建後是配置2座島式月台及4股道的地下車站，其改建內容除舊有車站保留、拆除既有後站及人行地下道外，尚含新建下沉式廣場及地下站體，目前開挖支撐施作，今年4月啟用新建臨時後站及跨站天橋，提供台南車站前後站通行動線。另林森及南台南二通勤站亦正開挖支撐及結構施作。

另該計畫位於台南古都，鐵道局表示，因地層中埋藏豐富文化資產，目前已發掘14處文資遺構。鐵道局均依台南市文資處專家學者會勘紀錄、文資審議決議及文資法相關規定，依法提送相關移置計畫經主管機關核定後據以執行。

軌道工程部分，南引道範圍已交付軌道標舖軌，正進行鋼軌電阻火花焊接作業。另系統機電工程包含永久軌電車線、號誌、電訊、隧道通風、中央監控等系統，正積極辦理細部設計作業，預定今年底陸續辦理發包施工。