農委會林業試驗所管轄的墾丁高位珊瑚礁自然保留區，因梅花鹿族群密度增加，致其植物生態現面臨威脅。自然保留區與梅花鹿同樣都是受保育的重要標的，林試所權衡兩者相互的影響，以人為手段介入，透過使用塑膠網及不織布保護樹木、保留區施作圍籬隔絕梅花鹿等方式，維持保留區內動植物生態平衡。

林試所表示，生態保育的目的是為保護各種生物、棲地和生態系，以防止物種的滅絕。隨著現代保育意識的崛起，雖然保育的概念眾所皆知，但實務上真正困難的是該透過何種適當的措施，讓人類與自然達成永續的共處。

林試所指出，墾丁高位珊瑚礁自然保留區和梅花鹿正遭遇保育議題上的困境。墾丁高位珊瑚礁自然保留區是依文化資產保存法所劃設，主要保護對象為高位珊瑚礁及其特殊生態系，一般民眾未經主管單位允許禁止進入。

林試所表示，梅花鹿則是由墾丁國家公園管理處進行復育及試驗性野放，多年復育的成果相當成功，使其族群密度和數量快速上升。因自然保留區受到良好的保護，便成為梅花鹿在恆春半島地區主要的避難所，數量分布不均的高密度鹿群，已對珊瑚礁森林生態系造成嚴重的負面影響。不僅梅花鹿的啃食及踐踏小苗會使林下苗木無法正常生長、更新，其磨角行為也會讓樹皮受傷，最終導致樹木死亡，進而改變林分密度及結構，導致森林生態系正逐漸地崩壞。

林試所說明，在2020年初，首次發現保留區內多棵皮孫木的樹皮遭梅花鹿啃食，少部分甚至被環剝，這在過去幾年是未曾見過的現象，可見梅花鹿數量已達環境乘載量，才會出現「啃樹皮」的警訊。要是任其繼續自然發展，最後消失的不僅是小苗及地被層植物，就連其他爬蟲類、昆蟲、小型哺乳類動物也將逐漸失去棲息環境，最終對生態系的演替及發展造成不可挽回的負面影響。

林試所恆春研究中心主任林照松表示，為及時因應梅花鹿對保留區植物的影響，林試所適時介入以阻止森林生態系退化，除使用塑膠網及不織布保護樹木，另針對被環剝的樹木，運用橋接方式嘗試恢復其生理機能。至今沒有任何一株因梅花鹿啃食樹皮而造成死亡的大樹，顯示管理單位及時施行相關因應措施，可有效遏止梅花鹿對大樹的危害。

此外，林試所從2019年便開始陸續於保留區內施作圍籬，將部分區域隔絕梅花鹿以保護植物，其中包含台灣維管束植物紅皮書所列有滅絕風險之植物，如象牙樹、多花山柑、恆春皂莢等，目前已設置的圍籬範圍共9.46公頃，僅占保留區總面積137.5公頃一小部分。

林試所說明，受限於法規，目前只能暫時以設置圍籬的方式來保護植物，然而，墾丁高位珊瑚礁自然保留區為珊瑚礁石灰岩臺地，地形非常崎嶇，設置圍籬僅為短期的暫緩之計。

長期而言，林試所指出，應以控制梅花鹿族群數量及密度作為治本之道，如用誘捕後移地野放、施打節育疫苗或開放季節性狩獵等方式等。林試所、林務局、墾管處及專家學者為此已多次召開相關專家學者會議研商對策，期望能透過人為的力量將保育的價值和成果發揮到最大，使保留區在有低密度梅花鹿族群存在的情況下，逐漸恢復森林植被，讓動植物的生態保持平衡。

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